L'UCA, comme toute université marocaine, est un établissement public, relevant du Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche Scientifique et de l'Innovation dirigée par le Président de l'Université, aidé par des services administratifs et instances issues du Conseil de l'Université. L'organigramme de la Présidence de l'Université Cadi Ayyad est le suivant :
La présidence
Président
Pr. Blaid BOUGADIR
Vice Président - Pôle des Affaires Académiques et Estudiantines
Pr. Salah Eddine Kartobi
Vice Président - Pôle de la Recherche Scientifique, de la Coopération et du Partenariat
Pr. Mohamed HAFIDI
Secrétaire Générale - Pôle des Affaires Administratives et Institutionnelles
Mr. Mustapha MAKTOUB
Directeur du Pôle Digitalisation
Pr. Zahi JARIR
Directeur du Pôle des Etudes Doctorales
Pr. Hamid KADDAMI
Site de Marrakech
Faculté des Sciences Semlalia
Doyen : M. El Hassan El Mouden
Faculté des Sciences Juridiques, Économiques et Sociales
Doyen par intérim : M. Achraf Janioui
Ecole Nationale de Commerce et de Gestion
Directrice : Mme. Bouchra LEBZAR
Faculté de Médecine et de Pharmacie
Doyen : M. Said ZOUHAIR
Faculté des Lettres et des Sciences Humaines
Doyen : M. Abdeljalil LOKRIFA
Faculte des Sciences et Techniques
Doyen : M. Said RAKRAK
Ecole Nationale des Sciences Appliquées
Directeur : M. Hassan AYAD
Ecole Normale Supérieure
Directrice: Mme. Khadija HARIRI
Faculté de Langue Arabe
Doyen par intérim : M. Ahmed KADIM
Site de Safi
Faculté Polydisciplinaire
Doyen : M. Abdessamad CHARIF
Ecole Nationale des Sciences Appliquées
Directeur : M. Mohamed CHABAB
Ecole Supérieure de Technologie
Directeur : M. Ahmed CHEKROUN
Site de Essaouira
École Supérieure de Technologie
Directeur : M. Khalid El KALAI
Site de El Kelaâ des Sraghna
Faculté des Sciences Juridiques, Economiques et Sociales
Doyen : M. Mohamed EL GHALI
Ecole Supérieure de Technologie
Directeur: M. Khalil EZZINBI
