L'UCA, comme toute université marocaine, est un établissement public, relevant du Ministère de l'Enseignement Supérieur, de la Recherche Scientifique et de l'Innovation dirigée par le Président de l'Université, aidé par des services administratifs et instances issues du Conseil de l'Université. L'organigramme de la Présidence de l'Université Cadi Ayyad est le suivant :